Para que el logotipo de la empresa aparezca en la pantalla, debe ser guardado en un formato de archivo jpg y se copia en el archivo logo.jpg en las empresas /Nombre de la empresa / directorio. WebERP permite que se acceda a varias empresas utilizando los mismos comandos que la configuración de cada empresa almacenada en la base de datos. El nombre de la base de datos de la empresa tiene un directorio bajo el directorio de las compañías bajo el directorio raíz WebERP. El logotipo debe tener permisos de lectura para el usuario que el servidor web está ejecutando (a menudo el usuario "nobody" para apache en linux). Los problemas de permisos no son un problema bajo las instalaciones de Windows. 

Se establece un plan de cuentas predeterminado. Sin embargo, en la mayoría de los casos, la empresa deseará aportar el plan de cuentas que se ha utilizado tradicionalmente. Plan de mantenimiento de cuentas, eliminación de cuentas y la adición de nuevas cuentas se realiza desde la pestaña del libro mayor. La configuración del catálogo de cuentas será un primer paso necesario donde se utilizarán las funciones de integración del libro mayor. Una vez que la cuenta del libro mayor tiene un registro en ella, entonces no se le permitirá eliminar.

En el libro mayor, existe una jerarquía de Secciones contables> Grupos contables>Cuentas contables. Cuenta de libro mayor, el plan de cuentas, grupos de cuentas y secciones de cuentas se pueden agregar o modificar desde el libro mayor. Es importante obtener el catálogo de cuentas justo antes de realizar las entradas que dificultan la modificación del catálogo. No se puede eliminar las cuentas con contabilizaciones realizadas.

Los parámetros de la empresa deben configurarse correctamente desde la pantalla de configuración de la empresa lo puede hacer en el Menú Principal>Configuración> Opciones de Configuración General>Configuración de la empresa. La mayoría de estos parámetros son auto-explicativos. Nombre de la empresa, número de la empresa, dirección postal, dirección física, etc. Además, los números de teléfono y la moneda de inicio por defecto de la empresa. Si la moneda por defecto aun no está configurada, lo puede hacer en el Menú principal> Configuración > Opciones de Configuración General > Administrar Monedas, permite definir nuevas monedas y actualizar las tasas de morosidad.

El registro de la empresa también proporciona un lugar conveniente para almacenar los códigos predeterminados para el libro mayor:

•Cuenta de control de deudores GL.
•Cuenta de control de acreedores GL.
•Cuenta de pago de nómina GL.
•Cuenta de compensación de bienes recibidos GL.
•Cuenta de compensación de ganancias retenidas GL.
•Cuenta de recargos en el transporte GL.
•Cuenta GL de variaciones de cambio
•Cuentas para diferencias de cambio en ventas GL. 
•Cuenta para diferencias de cambio en compras GL. 
•Cuenta para descuento de pago GL.

Cuentas para control de deudores: esta cuenta se establece en cada asiento contable de facturas, recibos y notas de crédito en términos de ventas.

Cuenta para control de acreedores: esta cuenta se muestra en las compras reflejándose en asientos contables de facturas y pagos a proveedores.

Cuenta para pagos de nomina: esta cuenta es futura para un modulo en especial, llamado recurso humanos (no incluido en weberp)

Cuenta para compensación de bienes recibidos: cuenta de descargo que indica que algo está pendiente a ser pagado, cómo las facturas de proveedores o servicios de embarques.

Cuenta para compensación de ganancias retenidas: esta cuenta forma parte de las órdenes de venta, cuando aun no se han despachado los artículos a los clientes.

Cuenta de recargos en el transporte: esta cuenta tiene la función de controlar el flete dado en servicio al cliente, esta aparecerá en los asientos de las facturas emitidas al cliente, o ya sea en las notas de crédito.

Cuenta para diferencias de cambio en ventas: esta cuenta interviene cuando se le vende al cliente el producto en diferente moneda local. Siendo parte de la separación del diferencial cambiario.

Cuenta para diferencias de cambio en compras: esta cuenta interviene cuando se compra a proveedores en moneda diferente a la local, ya que esta cuenta nos ayuda a separar el diferencial cambiario.

Cuenta para descuentos en pagos: esta cuenta funciona e interactúa en los descuentos que se le hacen al cliente. (Su función se verá solo si su matriz de precios tiene información)

El registro de la compañía también registra la integración GL que establece:

• Crear entradas contables para transacciones de cuentas por cobrar
• Crear entradas contables para transacciones de cuentas por pagar: 
• Crear entradas contables para las transacciones de inventarios (a costo estándar):

Observe que la existencia de GL  es una integración en una pestaña separada. Si la integración GL de cuentas por cobrar se establece en sí, entonces se crean registros en el libro mayor (GL) para las facturas y créditos para las ventas y los deudores, pero no por el costo de ventas y de existencia. Para la integración posterior, esto requiere que las entradas GL para las transacciones de existencia también se establezcan en sí.

Para la integración GL en el nivel de ventas, es necesario definir los códigos de contabilización de ventas para un tipo específico de ventas, área de ventas y categoría de existencias desde Menú Principal>Configuración>Configuración de cobros/pagos>Registros de la interfaz contable de ventas. Para la integración de inventario GL el costo de los códigos de envío de ventas para un tipo específico de ventas, área de ventas y categoría de existencia también deben configurarse desde Menú principal>Configuración>Configuración de cobros/pagos>Registros de la interfaz contable de bienes vendidos (COGS=Costo de Bienes Vendidos). Si no se especifican códigos GL apropiados, el sistema creará automáticamente una nueva cuenta GL número 1 para las contabilizaciones a realizar. Si esta cuenta sigue apareciendo, entonces esto es una buena señal de que los códigos de contabilización predeterminados no se crean.